菲律宾外交部10月2日就巴丹群岛（Batanes）附近海域争议作出回应，明确表示反对中国驻菲律宾使馆关于相关海域拥有主权权利和管辖权的表述。菲律宾外交部称，菲海岸警卫队近期是在应对疑似未经授权的海洋科学研究活动，并依据菲律宾方面对相关海域的法律立场开展执法行动。
菲律宾外交部表示，菲方此前发现中国科研船“嘉海科7”（JIA HAI KE 7）位于巴丹省伊特巴雅特岛（Itbayat）西北方向约37海里处，菲方认为该位置处于菲律宾专属经济区（EEZ）范围内。菲律宾海岸警卫队此前称，该船涉嫌在相关海域开展未经授权的海洋科学研究。
菲律宾外交部进一步援引《联合国海洋法公约》（UNCLOS）第246条称，在沿海国专属经济区和大陆架进行海洋科学研究，需要获得沿海国同意。菲方表示，中国方面此前没有向菲律宾提出相关申请，菲律宾也没有批准任何中国船只在该海域开展海洋科学研究。
此次争议源于中国驻菲律宾使馆此前对菲律宾海岸警卫队西菲律宾海发言人杰伊·塔里埃拉少将相关言论作出回应。中国使馆称，依据包括《联合国海洋法公约》在内的国际法，中国对相关海域拥有主权权利和管辖权，并表示中菲在有关海域存在海洋权益主张重叠，相关问题应通过双方谈判解决。
中国驻菲律宾使馆副发言人郭威表示，中方反对菲律宾基于单方面主张在相关海域采取其所称的“非法行动”，并称中方将继续采取措施维护自身权益。上述表述代表中方对相关海域法律地位及双方海洋权益争议的立场。
菲律宾外交部则要求中国遵守相关国际义务，并避免采取其认为不利于恢复双方互信的行动。菲方同时表示，将继续依据国际法维护其在专属经济区内的权利和管辖权。
目前，中菲双方对于巴丹群岛附近相关海域的权益和管辖问题仍存在不同主张。菲律宾海岸警卫队此前已派出巡逻船和飞机，对中国科研船开展相关行动。
